El ion perclorato (ClO4 -) es muy estable en agua, y sus sales son altamente solubles en agua. El perclorato se produce de manera natural en el medio ambiente, formándose en la atmósfera y pudiendo precipitar en el suelo pasando posteriormente a las aguas subterráneas. También se puede generar como un contaminante ambiental derivado del uso de fertilizantes de nitrato y de la fabricación, uso y eliminación de perclorato de amonio utilizado en propulsores, explosivos, fuegos artificiales, bengalas y en otros procesos industriales. Por último, el perclorato también se puede formar durante la degradación del hipoclorito de sodio utilizado para desinfectar el agua y puede contaminar el suministro de agua. El agua, el suelo y los fertilizantes se consideran fuentes potenciales de contaminación por percloratos en los alimentos.

Desde el año 2013 en el seno de la UE se ha investigado la presencia de perclorato en frutas y verduras. El perclorato es un contaminante que se libera al ambiente procedente tanto de fuentes naturales como antropogénicas. En general, el agua de riego, el suelo y los fertilizantes son considerados como posibles fuentes de contaminación de perclorato en los alimentos.